O Vitae Civilis tem obtido reconhecimento público por suas iniciativas em prol da sustentabilidade do desenvolvimento, tendo recebido as seguintes premiações: 

• Em setembro de 2003, a AGUA - Associação dos Amigos e Moradores do Bairro Guapiruvu, situada no município paulista de Sete Barras na região do Vale do Ribeira, homenageou o Vitae Civilis, entregando ao casal Dra. Gemima Cabral Born e Dr. Rubens Born, respectivamente, gerente institucional e diretor executivo do Vitae Civilis, uma placa de Honra ao Mérito, pelo apoio para o fortalecimento da comunidade mediante o processo da Agenda 21 Local, e projetos associados em plantas medicinais, agrofloresta e eco-turismo. 
  
• Inclusão do Vitae Civilis em 2000, na lista das 400 maiores entidades beneficentes do Brasil, publicada no livro Filantropia 400 - O guia da filantropia, realização da Fundação Kanitz & Associados. 
  
• Prêmio Henry Ford (Menção Honrosa – 1997), da Conservation International do Brasil e Ford Brasil, pela iniciativa promissora e pelo potencial do Projeto Da Mata à Casa.
  
• Prêmio Ally Awards, da Rainforest Alliance (1997), pelo trabalho efetivo e dedicado à proteção das florestas tropicais.
  
• Prêmio & Homenagens – O PNBE (Pensamento Nacional das Bases Empresariais) concedeuem dezembro de 2006 o Prêmio Cidadania ao Dr. Rubens Born, diretor executivo do Instituto Vitae Civilis, o prêmio Cidadania 2006, na categoria Ambientalista do Ano. A 15ª. Edição do Prêmio do PNBE valoriza a ética, a inovação e o envolvimento nas questões sociais, econômicas, ambientais e políticas do Brasil. A cerimônia de entrega do prêmio foi no Museu de Arte Moderna, no Parque Ibirapuera (SP), no  dia 13/12/2006. O PNBE premiou mais 7 outras pessoas, entre os quais Washington Novaes, que recebeu o prêmio na categoria Jornalista, A comissão julgadora foi composta por membros da sociedade civil e do PNBE. M.
  
  Gaines Campbell III, conselheiro do Vitae Civilis, e Dina Correa da Silva, ambos integrantes da ANAP – Associação Nascentes de Águas Puras, foram homenageados pelo Comitê de Bacia Hidrográfica do Rio Ribeira de Iguape e Litoral Sul (CBH-RB), durante a cerimônia de comemoração dos dez anos do comitê. Os dois homenageados exerceram a vice-presidência do CBH-RB.
• O Projeto Ecoturismo em São Lourenço da Serra: geração de renda e conservação ambiental, de iniciativa do Vitae Civilis Instituto para o Desenvolvimento, Meio Ambiente e Paz foi contemplado com o Prêmio Top Social da Associação dos Dirigentes de Vendas e Marketing do Brasil (ADVB). É a 10ª Edição do Prêmio, para a qual 203 projetos concorreram, sendo 23 vencedores. Vinte empresas foram premiadas, entre elas a Petrobras, que teve duas de suas ações escolhidas, uma delas o apoio do Programa de Desenvolvimento e Cidadania ao Projeto Ecoturismo em São Lourenço da Serra.