Baseado na conservação e uso sustentável de águas, esse programa dá enfoque à mobilização social e popular como elemento fundamental e necessário para promover também equidade, justiça social, distribuição de renda e sustentabilidade nas questões que definem os usos, benefícios e ônus das águas. Preocupa-se também com o desenvolvimento e ocupação do território objeto de exploração hídrica, para que a sustentabilidade seja compatível com a conservação da biodiversidade e dos processos ecológicos fundamentais.
Portanto, o objetivo desse programa se resume em contribuir para o manejo integrado e o uso racional de águas e mananciais, mediante a valorização dos serviços ambientais e gestão integrada do território, com repartição eqüitativa de benefícios provenientes da sua conservação e desenvolvimento sustentável.

Bases do Trabalho 

• Contribuir para a adoção de instrumentos econômicos (monetários e não monetários), com base em CSA – compensações por serviços ambientais, como certificação, ICMS ecológico, cobrança de uso de água, royalties da exploração mineral, incentivos fiscais etc. para a proteção de mananciais em áreas peri-metropolitanas e urbanas e na gestão de águas minerais. 
• Promover o diálogo intersetorial com vistas ao aprimoramento da gestão integrada e do uso racional de águas. 
• Sistematizar e disseminar as experiências em desenvolvimento local peri-urbano ou rural de importância para a conservação dos serviços ambientais. 
• Contribuir para a ampliação da governança pública e da responsabilidade social de organizações (empresariais, governamentais e da sociedade civil) e para o aprimoramento de programas e iniciativas relativos ao uso racional de águas em áreas urbanas e peri-metropolitanas com base em enfoques de gestão integrada e, ajudar na qualificação e na participação de entidades da sociedade civil em sistemas de governança de gestão de águas (incluindo CBH – Comitê de Bacia Hidrográfica)

Estratégias de Ação:

1. Realizar estudos, sistematizar e disseminar conhecimento, sobre práticas (individuais, corporativas e públicas), técnicas e políticas, para a utilização de instrumentos de enfoque integrado de compensações (incluindo certificação) e gestão dos serviços ambientais associados à exploração racional de águas e desenvolvimento sustentável dos territórios associados;
2. Produzir materiais e realizar atividades para a sensibilização de lideranças e tomadores de decisão, por um lado, como também sensibilizar cidadãos em torno dos elos cotidianos, culturais, sociais, ambientais e/ ou econômicos que temos com as águas e respectivas condições ambientais dos territórios de onde elas se originam.
3. Participar nos sistemas públicos de gestão integrada de recursos hídricos, incluindo em conselhos e comitês de bacias hidrográficas, redes da sociedade civil e outras instâncias globais ou locais, tendo como referência o estímulo à gestão da integridade dos ambientes e grupos humanos que asseguram a conservação de mananciais, o uso eficiente de água, reuso de águas servidas e captação de águas pluviais.
4. Promover uma ação demonstrativa de uso múltiplo do território e novas formas de percepção e intervenção em área de mananciais da região peri-metropolitana de São Paulo.

Projetos em Andamento:

-    Águas, governança de sua gestão e uso de instrumentos econômicos - objetiva estudar o aprimoramento do uso de instrumentos econômicos, seja a cobrança do uso de água ou compensações por serviços ambientais, tornando mais democrático e justo o uso desses instrumentos.

-    Conexão: Correntes da Cidadania em Defesa dos Mananciais – busca apoiar o envolvimento da população na proteção e no uso sustentável de mananciais, ecossistemas associados e recursos hídricos. Esse envolvimento deve ocorrer por meio de atividades de educação ambiental e acompanhamento das atividades do Comitê de Bacia Hidrográfica e outras instâncias.

-    Serviços Ambientais e Desenvolvimento Sustentável Em Áreas Peri-Urbanas E Metropolitanas – busca fazer pesquisas e estudos voltados à aplicação de alternativas de compensação por serviços ambientais para a promoção de sustentabilidade nas áreas em torno das grandes Metrópoles, em especial, na região Metropolitana de São Paulo.

-    Gestão Ambiental Integrada e Aproveitamento do Potencial hidromineral e Turístico de São Lourenço da Serra, Juquitiba, Embu-Guaçu e Itapecerica da Serra – nesse projeto o Instituto busca em diálogos e possíveis parcerias com prefeituras e outros setores e atores da região, promover a sustentabilidade do aproveitamento de águas minerais e do ecoturismo como forma de conservação da região e desenvolvimento da população local.

-    Promoção do Manejo Sustentável e do Ecoturismo em áreas de Mata Atlântica – com base nos projetos da Mata à Casa e Turismo Sustentável realizados ainda nos anos 90, o Vitae Civilis busca promover com esse projeto o desenvolvimento de populações humanas da Mata Atlântica, mediante o fomento de alternativas de manejo sustentável, de produtos não-madereiros e do ecoturismo.

Atividades Especiais:

- Seminários sobre Serviços Ambientais e Gestão de Territórios
- Participação em Comitês de Bacias Hidrográficas